Motivación

Automatizar

• Menos tiempo en informes periódicos
• Adaptar documentos parecidos
• Rapidez

Reproducible

• Más fácil encontrar errores
• Más fácil recordar detalles del documento
• Sin errores de cortar y pegar

Diferentes formatos

• word, pdf, html
• presentaciones

Ejemplo

1. Data preparation
2. Modeling
3. Generating report
4. Something wrong in your data
5. Repeat 1 ~ 4

Conceptos

• LaTeX: centrado en el contenido y no la estética
• markdown: markup language para páginas web
• Sweave: genera informes LaTeX con cálculos en R
• knitr: actualización de Sweave más flexible y general
• pandoc: transforma entre markup languages
• rmarkdown: genera documentos markdown con cálculos en R

Requisitos

Versiones de R y RStudio actualitzadas:

• R (>= 3.0)
• RStudio (>= 0.98.1089)
• Si no usamos RStudio pandoc (>= 1.12.3)

Los siguientes packages de R:

• knitr 1.8
• rmarkdown (>= 0.4.2)

Una distribución de TeX

• TexLive
• MacTeX
• MikTeX

Ejercicio 1: Generar el primer documento

Markdown basics

# Nivel 1 
## Nivel 2
### Nivel 3

*cursiva*   **negrita**
_cursiva_   __negrita__

[link](https://rugbcn.wordpress.com/)

* lista de elementos
* elemento 2
 + elemento 2.1
 + elemento 2.2
* elemento 3

Formulas en formato LaTeX van entre dolares $\beta^2$

<!-- Comentario en Markdown basics -->

Document Templates

Ejercicio 2: Customizar el documento

• Añadir un nivel
• Añadir un segundo nivel
• Añadir una lista o una fórmula en LaTeX
• Añadir un comentario
• Crear un word y un pdf

Opciones de las templates

Corrector ortográfico

Knitr

Que és?

• Es el paquete que nos facilita la integración del código R a LaTeX o Markdown.
  • De una manera muy sencilla.
• Cómo?
  • El sistema se basa en integrar código R a través de chunks.
  • IDEA: Tenemos nuestro documento, en el cual insertamos código R.
• Creado por Yuhui Xie
  • Trabajador de RStudio, “The place where magic happens”.
• Knitr Definition
• Knitr Website
• Knitr Book

Que és un chunk?

• IDEA: Tenemos un papel en documento, donde ciertas partes son escritas y otras salidas de R.

• How does a Chunk look like?

paste("Mi primer chunk, empecemos por un simple paste!")

## [1] "Mi primer chunk, empecemos por un simple paste!"

• Importante: Los objetos creados en una sesión .Rmd o .Rnw, son de esa sesión.

Que és un chunk?

• Posibiliadades que nos dan los chunks?

```{r, fig.height=4}
library(ggplot2)
p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Width, Sepal.Length)) + geom_point(aes(color = Species))
p + ggtitle("In R we trust!")
```

• Una presentación no es lo mismo sin iris-data.

Que és un chunk?

• Un chunk tiene cuatro partes:
  • Nombre, que en el caso anterior sería r.
  • Opciones, gran, gran variedad de opciones.
  • R-Code, donde introducimos nuestro código R.
  • Límites, delimitado por estas comillas ``` (para el caso markdown).
• {Nombre, Opcion1, Opcion2, … , OpcionT}

```{r, fig.height=4}
library(ggplot2)
p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Width, Sepal.Length)) + geom_point(aes(color = Species))
p + ggtitle("In R we trust!")
```

• Hay una gran varidad de opciones divididas en diferentes temáticas:

  • Text results
  • Evaluation
  • Plots
  • Code decoration
  • Cache

Chunk/Text results

• echo TRUE (IDEA: Muestro el código?)

```{r}
paste("echo TRUE, vemos el código.")
```

paste("echo TRUE, vemos el código.")

## [1] "echo TRUE, vemos el código."

• echo FALSE

```{r,echo=FALSE}
library(knitr)
paste("echo FALSE, lo usaremos casi por defecto..")
rnorm(10)
```

## Warning: package 'knitr' was built under R version 3.1.2

## [1] "echo FALSE, lo usaremos casi por defecto.."

##  [1] -2.1854254  0.5594786 -0.6497459 -0.6926171  2.2025353  0.7534530
##  [7] -0.7200593 -1.8460778 -0.7172342 -1.5024214

• results asis (IDEA: Cómo muestro el resultado?)

```{r,echo=FALSE,results='asis'}
paste("Results as is, tal cual.")
```

[1] “Results as is, tal cual.”

• echo TRUE results asis

cat("<h2>Html Code all night long</h2>")

Html Code all night long

• results hide

```{r,echo=FALSE,results='hide'}
paste("No muestres ningún resultado.")
```

• warning TRUE / FALSE

• error TRUE / FALSE

• message TRUE / FALSE

Chunk/Evaluation

• eval TRUE / FALSE / Vector
  • TRUE by default x)

Eval<-TRUE

• eval Eval

```{r,eval=Eval}
paste(Eval)
```

paste(Eval)

## [1] "TRUE"

• Esto nos puede ser útil por si tenemos una plantilla de documento, ciertas partes de cálculo y visualización pueden ser codificadas por un eval.

Chunk/Plot

• Hay bastantes opciones, rápidamente:

• dpi: DPI (dots per inch) for bitmap devices (dpi * inches = pixels)

• fig.width / fig.height: Dimensiones del gráfico.

• fig.align: Alineación del gráfico.

• fig.cap: Captura del gráfico.

• echo FALSE fig.height:2 fig.width:3 fig.align:left

```{r, echo=FALSE,fig.height=2,fig.width = 3,fig.align='left',dpi=100}
library(ggplot2);library(knitr)
p <- ggplot(iris, aes(Sepal.Width, Sepal.Length)) + geom_point(aes(color = Species))
p + ggtitle("In R we trust!")
```

Chunk/Code decoration

• tidy: Dejar el código más arreglado.

• comment(‘##’; character): cómo muestra el codigo.

```{r, echo=FALSE}
summary(cars)
```

##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00

```{r, echo=FALSE,comment=""}
summary(cars)
```

     speed           dist       
 Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
 1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
 Median :15.0   Median : 36.00  
 Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
 3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
 Max.   :25.0   Max.   :120.00  

• Chunk para poner todo el código:
  • ref.label=all_labels(), echo=TRUE, eval=FALSE,tidy=TRUE
  • Útil al final del documento.

```{all-code, ref.label=all_labels(), echo=TRUE, eval=FALSE,tidy=TRUE}
```

Chunk/Cache

• Más información.

Chunk/Global options

• Podemos crear opciones globales para nuestros chunks

library(knitr)

opts_chunk$set(echo = FALSE)

• opts_chunk$get()
  • Como es el estado de los chunks

opts_chunk$get()

## $eval
## [1] TRUE
## 
## $echo
## [1] TRUE
## 
## $results
## [1] "markup"
## 
## $tidy
## [1] FALSE
## 
## $tidy.opts
## NULL
## 
## $collapse
## [1] FALSE
## 
## $prompt
## [1] FALSE
## 
## $comment
## [1] "##"
## 
## $highlight
## [1] TRUE
## 
## $strip.white
## [1] TRUE
## 
## $size
## [1] "normalsize"
## 
## $background
## [1] "#F7F7F7"
## 
## $cache
## [1] FALSE
## 
## $cache.path
## [1] "Presentacio_cache/slidy/"
## 
## $cache.vars
## NULL
## 
## $cache.lazy
## [1] TRUE
## 
## $dependson
## NULL
## 
## $autodep
## [1] FALSE
## 
## $fig.keep
## [1] "high"
## 
## $fig.show
## [1] "asis"
## 
## $fig.align
## [1] "default"
## 
## $fig.path
## [1] "Presentacio_files/figure-slidy/"
## 
## $dev
## [1] "png"
## 
## $dev.args
## NULL
## 
## $dpi
## [1] 96
## 
## $fig.ext
## NULL
## 
## $fig.width
## [1] 8
## 
## $fig.height
## [1] 6
## 
## $fig.env
## [1] "figure"
## 
## $fig.cap
## NULL
## 
## $fig.scap
## NULL
## 
## $fig.lp
## [1] "fig:"
## 
## $fig.subcap
## NULL
## 
## $fig.pos
## [1] ""
## 
## $out.width
## NULL
## 
## $out.height
## NULL
## 
## $out.extra
## NULL
## 
## $fig.retina
## [1] 2
## 
## $external
## [1] TRUE
## 
## $sanitize
## [1] FALSE
## 
## $interval
## [1] 1
## 
## $aniopts
## [1] "controls,loop"
## 
## $warning
## [1] TRUE
## 
## $error
## [1] FALSE
## 
## $message
## [1] TRUE
## 
## $render
## NULL
## 
## $ref.label
## NULL
## 
## $child
## NULL
## 
## $engine
## [1] "R"
## 
## $split
## [1] FALSE
## 
## $include
## [1] TRUE
## 
## $purl
## [1] TRUE

Ejemplo: rCharts

```{r results = 'asis', comment = NA}
require(rCharts)
data(economics, package = 'ggplot2')
econ <- transform(economics, date = as.character(date))
m1 <- mPlot(x = 'date', y = c('psavert', 'uempmed'), type = 'Line',
  data = econ)
m1$set(pointSize = 0, lineWidth = 1)
m1$print('chart2', include_assets = TRUE)
```

require(rCharts)
data(economics, package = 'ggplot2')
econ <- transform(economics, date = as.character(date))
m1 <- mPlot(x = 'date', y = c('psavert', 'uempmed'), type = 'Line',
  data = econ)
m1$set(pointSize = 0, lineWidth = 1)
m1$print('chart2', include_assets = TRUE)

• No està en el CRAN!
• Guía rápida
• Instalación:
  • require(devtools)
  • install_github(‘rCharts’, ‘ramnathv’)

Worth a look

Recopilación de más de 114 ejemplos.

• https://github.com/yihui/knitr-examples

Recomendación para el trabajo:

• Creación de un chunk inicial donde cargamos y parseamos los datos.
• Establecer opciones globales para nuestros chunks.
• Utilizar eval en caso de querer crear una plantilla genérica.

Ejercicio 3: Usar diferentes chunks

• Modificar el tamaño de las gráficas
• Modificar que no se vea el codigo, mensajes, errores o warnings
• Definir chunks globales con opts_chunk$set(...)
• Se muestre un gráfico en función de una variable

Presentation Templates

Funciona igual que los documentos

Añadir codigo html directamente

<iframe src="https://www.google.com/maps/embed?pb=!1m14!1m8!1m3!1d2992.980538837
813!2d2.1940529999999994!3d41.396229!3m2!1i1024!2i768!4f13.1!3m3!1m2!1s0x12a4a2c
2e2d59ceb%3A0xc4a659466688fe8d!2sitnig!5e0!3m2!1sca!2ses!4v1425493445609" 
width="600" height="450" frameborder="0" style="border:0"></iframe>

Añadir codigo html desde R

• Usar chunk result = asis si el resultado del codigo es html
• No es necesario en el caso de un htmlwidgets

```{r, warning = FALSE}
library(dygraphs)
lungDeaths <- cbind(mdeaths, fdeaths)
dygraph(lungDeath)
```

Mejorando el aspecto de las tablas

Usar chunk option result = 'asis'.

• package knitr (kable)
• package xtable
• package simsalapar (toLatex.ftable)
• package Hmisc
• Más packages en Reproducible Research CRAN Task View

Ejemplo con xtable

library(xtable)
xIris <- xtable(head(iris), caption = "5 primeros valores de iris")
print.xtable(xIris, type = "html")

## <!-- html table generated in R 3.1.1 by xtable 1.7-4 package -->
## <!-- Mon Mar  9 00:04:16 2015 -->
## <table border=1>
## <caption align="bottom"> 5 primeros valores de iris </caption>
## <tr> <th>  </th> <th> Sepal.Length </th> <th> Sepal.Width </th> <th> Petal.Length </th> <th> Petal.Width </th> <th> Species </th>  </tr>
##   <tr> <td align="right"> 1 </td> <td align="right"> 5.10 </td> <td align="right"> 3.50 </td> <td align="right"> 1.40 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 2 </td> <td align="right"> 4.90 </td> <td align="right"> 3.00 </td> <td align="right"> 1.40 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 3 </td> <td align="right"> 4.70 </td> <td align="right"> 3.20 </td> <td align="right"> 1.30 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 4 </td> <td align="right"> 4.60 </td> <td align="right"> 3.10 </td> <td align="right"> 1.50 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 5 </td> <td align="right"> 5.00 </td> <td align="right"> 3.60 </td> <td align="right"> 1.40 </td> <td align="right"> 0.20 </td> <td> setosa </td> </tr>
##   <tr> <td align="right"> 6 </td> <td align="right"> 5.40 </td> <td align="right"> 3.90 </td> <td align="right"> 1.70 </td> <td align="right"> 0.40 </td> <td> setosa </td> </tr>
##    </table>

Añadiendo el chunk option result = 'asis'

library(xtable)
xIris <- xtable(head(iris), caption = "5 primeros valores de iris")
print.xtable(xIris, type = "html")

5 primeros valores de iris

	Sepal.Length	Sepal.Width	Petal.Length	Petal.Width	Species
1	5.10	3.50	1.40	0.20	setosa
2	4.90	3.00	1.40	0.20	setosa
3	4.70	3.20	1.30	0.20	setosa
4	4.60	3.10	1.50	0.20	setosa
5	5.00	3.60	1.40	0.20	setosa
6	5.40	3.90	1.70	0.40	setosa

Adaptar la salida del chunk

• Chunk option render = knit_print
• Vignette de knitr Custom Print Methods
• Definir métodos a la función knit_print de knitr
• Del creador de knitr llega printr

Ejemplo knit_print

head(iris)

##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
## 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
## 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
## 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
## 6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

library(knitr)
library(printr) # De github https://github.com/yihui/printr
head(iris)

Sepal.Length	Sepal.Width	Petal.Length	Petal.Width	Species
5.1	3.5	1.4	0.2	setosa
4.9	3.0	1.4	0.2	setosa
4.7	3.2	1.3	0.2	setosa
4.6	3.1	1.5	0.2	setosa
5.0	3.6	1.4	0.2	setosa
5.4	3.9	1.7	0.4	setosa

Añadiendo opciones de LaTeX

• En documentos pdf o presentaciones Beamer
• Añadir directamente al codigo o entre dolares
• En el header-includes

---
title: "Primer documento rmarkdown"
author: "Lluís Ramon"
date: "Wednesday, March 04, 2015"
output: pdf_document
header-includes:
- \usepackage{fancyhdr}
- \fancyfoot[CO,CE]{\em pàg. \thepage}
- \fancyhead[LE,LO]{\em \thetitle}
- \rfoot{\includegraphics[width = 3cm]{upc}}
---

Usar otras templates

• rtices package
• revealjs

Crear tu propia template

• Incluida en un package
• En el directorio: inst/rmarkdown/templates/my_template
  • template.yaml
  • skeleton.Rmd
  • default.tex o styles.css
• Una función ejecutará la template

Ejemplo upcTemplate

• upcTemplate
• Plantilla disponible en github
• Tiene definida una portada, logo, cabecera y pie de página.

.Rnw/LaTeX

• Mismo concepto, el papel deja de ser markdown para pasar a ser LaTeX.

• Que és?
  • LaTeX, procesador de texto del 1984.
  • Última version estable del 2011.
  • Conocido cómo:
    • “El gold-standard para publicar papers”.
    • “Lo primero que aprende un research assistant”.
    • “Esto parece un powerpoint pero no lo es!” (beamer)
• Conocimiento de LaTex? (audience?)
  • Primero rmarkdown, later LaTeX.

• Mejor, peor que Rmarkdown? Let’s see…

.Rnw/Creación Documento

Recordar, Tools / Global Options:

.Rnw/Estructuración Documento

• Un documento .Rnw (LaTeX) está dividido en dos partes:
  • PRE-Documento: Cargamos los diferentes paquetes.
    • Pensemos en los paquetes como las librerías de R.
  • Documento: Donde escribimos.
    • No hay post documento.
• Ejemplo:

.Rnw/Cómo funciona

• Creamos un documento .Rnw, compilamos y salen muchos archivos, (WTF!)

  • .pdf: Output final del documento.

  • .tex: Es el archivo desde el cual LaTeX compila.

  • .log: Importante en caso que el documento no compile nos dice donde falla (como bueno log).

  • .synctex.gz: Yo lo ignoro.

  • -concordance.tex: También lo ignoro.

  • .toc: Relacionado con el índice.

  • .?: Quizá puede salir alguna extensión más, centrarnos en .tex, .pdf, .log.

.Rnw/Chunk

• Cómo van los chunks?
  • Igual!
• Ejemplo:

<>=
rnorm(10)
@

• IDEA: El punto es que el package “knitr” nos da las opciones para escribir con dos tipos de documentos (“papeles”), pero con un mismo criterio.

Ejercicio 4: Crear un Rnw

• Crea tu primer documento LaTeX.

• Repetir el ejemplo del ejercicio 3.

• Compilar.

OR

• Bajate un ejemplo.

• Idea: Llegar a casa y hacer muchos.

.Rnw/Tipo output

• Dentro de la modalidad .PDF tenemos dos tipos de output.

1.  \documentclass[12pt]{article}

2.  \documentclass{beamer}

Más información en: http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Presentations

• Beamer Matrix:
  • Tenemos muchos estilos por defecto.
  • https://www.hartwork.org/beamer-theme-matrix/

.Rnw/Tips

• Vigilar con el encoding de los ficheros.

 \usepackage[utf8x]{inputenc}

 \usepackage[cp1252]{inputenc}

• {Hmisc} latexTranslate, convierte unfriendly latex carácteres (_, $, ’),
  • LaTeX es muy potente, muy exacto, pero muy frágil con carácteres especiales.
  • http://www.inside-r.org/packages/cran/Hmisc/docs/latex
• …

.Rnw vs .Rmd

Markdown or LaTeX?

• What happens if you ask for too much power from Markdown?

• Post recoge la siguiente idea:
  • “Markdown is super easy to learn and type, but it is primarily targeted at HTML pages”. (2013)
  • “LaTeX is relatively difficult to learn and type, but it allows you to do precise typesetting.”
• Opinión speakers:
  • Comenzar con RMarkdown para tener una transición amistosa a RSweave.

.Rnw/Ejemplos Ejemplos Ejemplos

https://github.com/yihui/knitr-examples

https://github.com/yihui/knitr-examples

https://github.com/yihui/knitr-examples

https://github.com/yihui/knitr-examples

https://github.com/yihui/knitr-examples

https://github.com/yihui/knitr-examples

https://github.com/yihui/knitr-examples

https://github.com/yihui/knitr-examples

.Rnw/En caso de duda…

Thank you

Lluís Ramon

@LluisR_Tgn

@LluisRamon

lluisramon

Carlos Bort

@Carlosebort

@carlosbort

carlosbort